国家中医药管理局三级免疫实验室主要从免疫学角度研究类风湿关节炎中医“痹证”等免疫相关疾病。实验室汇聚和稳定一大批高水平创新人才，开展前沿性免疫学研究工作。根据国家中医药管理局对实验室的要求与学科建设、实验室标准化建设相结合，建设成一个能够满足本科教学、研究生培养及科研实验要求的，集医、教、研为一体的先进研究平台。免疫实验室自2003年7月建设，2008年通过国家中医药管理局换证评估。实验室成立以来，共获得国家自然科学基金共计17项，国家科技支撑计划、国家重点研发计划共计2项，以及数十项其他课题项目资助。发表北大核心期刊以上论文一百余篇，其中包含SCI论文70篇，出版专著8部，获得发明专利9项、计算机软件著作权1项，医疗机构制剂获批3项。获得安徽省科学技术奖二等奖在内的省部级以上奖励13项。免疫实验室能够及时掌握所研究领域国内外进展，注重队伍建设和人才培养计划，规章制度和保障措施落实到位，基础条件建设可满足科学研究和人才培养计划的需要。