新安医学教育部重点实验室是在我校新安医学研究中心、临床研究基地、药物研究所和科研实验中心的基础上组建的。2003年获批国家中医药管理局科研三级实验室免疫实验室，2005年获安徽省科技厅立项建设安徽省中药研究与开发重点实验室，2008年成为国家中医临床研究基地重要支撑平台，2009年获批国家中医药管理局科研三级实验室细胞分子生物学（脑病）实验室，2010年获国家教育部立项建设新安医学教育部重点实验室。实验室总资产超过4000万元，实验室建设面积达5000 m2。先后与10余个国内外相关实验室建立了良好的合作研究关系。
新安医学教育部重点室围绕国家中医药传承创新等重大发展战略，从新安医学文献研究与数字化平台建设、新安医学特色理论的科学内涵研究、新安医学疑难疾病临床研究和新安医家名方验方应用基础与开发研究四个方向开展科学研究，形成了一系列的研究成果，为地方社会经济发展和中医药学科设提供重要的科技平台支撑。
（1）新安医学文献与数字化研究方向对宋以降新安医著作进一步文献整理和梳理论证，归纳总结出代表性新安医家、代表性新安医著、代表性学术思想、新安经典名方等目录，统计其在各类公认中医经典丛书全书中的占比，证明新安医学在祖国医学中的历史地位和整体贡献，已出版专著2部。完成《人痘术史话——新安医学对世界免疫学的巨大贡献》科普册1本，从医学史角度对天花的防治史进行系统考证，梳理人痘术起源及传播脉络，突出新安医学历史上对天花防治的突出贡献。
（2）凝练新安医学针对中风病“气虚血瘀”、慢阻肺“脾肾两虚”病机、痹病“脾肾湿盛”和消渴病“阴虚血瘀”病机，分别从益气活血通络、固本培元、健脾化湿通络和益气养阴、活血通络治法治则角度，采用血清药物化学、转录组学、中医方证代谢组学、网络药理学等技术及建立对应的病机结合体内外药理学模型，较为深入探讨了新安医学特色理论的科学内涵。
（3）以新安医学理论为指导，重点围绕“中风”、“消渴”、“肺胀”、“痹病”四类疾病，科学研究了新安医学特色治法治则对于疾病的临床疗效，建立和完善了四种疗效确切的临床综合治疗方案。完成了治疗中风的脑络欣通胶囊、治疗慢阻肺的芪白平肺胶囊的临床前研究工作并进行了转化；开展了治疗痹病的“新风胶囊”和治疗消渴病的“丹蛭降糖胶囊”成药性与临床研究。
（4）新安名方验方应用基础与开发研究，聚焦临床应用广泛、安全有效的特色方药，开发新安医学名方验方。如研究团队从“祛瘀生新血-祛瘀生新络-祛瘀生新物”三个层次阐释了新安名方桃红四物汤“异病同治”的科学内涵，并开展“桃红四物汤”的药效学和机制研究、保健食品培元胶囊的研发以及安徽道地药材和特色药材的资源与质量评价、物质基础、药理学和安全性等研究工作，为传统方剂研究提供范例。
